Sesuai SK tersebut Puslitbang dipimpin oleh seorang Kepala Puslitbang (jenjang IB) dan dibantu oleh 1 (satu) orang Kepala Departemen (jenjang IIA) yaitu Kepala Departemen Perencanaan, Kerjasama, Inovasi dan Perbenihan yang memiliki tugas menyusun rencana penelitian dan pengembangan yang sesuai dengan RJP Korporat, menyusun RKAP dan RO Puslitbang, mengkoordinir penyediaan benih unggul, menetapkan standar kualitas dalam pengembangan benih unggul sehingga layak untuk diterapkan, mengendalikan kegiatan administrasi umum di lingkup Departemen Perencanaan, Kerjasama, Inovasi dan Perbenihan, menyusun kerjasama dengan stakeholders, menyusun Perjanjian Kerja Sama penelitian, melakukan koordinasi dan konsultasi dengan instansi lain dalam membahas hasil penelitian dan rencana penelitian, melaksanakan benchmarking ke Lembaga Penelitian, Perguruan Tinggi, Perusahaan dan stakeholders lainnya, melakukan pengelolaan inovasi yang bersumber dari internal maupun eksternal, membina bawahan dan melaksanakan monev di lingkup Departemen, mengelola suara pelanggan (stakeholders), melaksanakan program pengembangan SDM, melakukan penilaian kinerja bawahan, mendokumentasikan Hak Kekayaan Intelektual, melaksanakan kegiatan SMK3, melaksanakan prinsip-prinsip GCG dengan baik. Dalam menjalankan tugasnya Kepala Departemen Perencanaan, Kerjasama, Inovasi dan Perbenihan dibantu oleh 2 (dua) orang Kepala Seksi yaitu Kepala Seksi Perencanaan, Kerjasama dan Kelola Inovasi serta Kepala Seksi Kelola Benih dan Bibit.
